1、本所成立於民國41年，隸屬於台南縣衛生院。
2、民國41年9月開始辦理門診業務。
3、民國63年全盤業務與指揮監督需要，奉行政院令准予改隸屬台南縣衛生局。
4、民國80年8月設立群體醫療執業中心至今。
5、民國86年門診業務電腦連線。
6、民國92年門診及預防注射系統全面視窗化。
7、民國99年12月25日縣市合併更改為台南市學甲區衛生所
